Informace o projektu
Česká národní infrastruktura pro biologická data (ELIXIR-CZ)

Informace

Projekt nespadá pod Přírodovědeckou fakultu, ale pod Středoevropský technologický institut. Oficiální stránka projektu je na webu muni.cz.

Kód projektu

LM2015047

Období řešení

1/2016 - 12/2019

Investor / Programový rámec / typ projektu

Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR

Velké infrastruktury pro výzkum, vývoj a inovace

Fakulta / Pracoviště MU

Středoevropský technologický institut

Další fakulta/pracoviště MU

Ústav výpočetní techniky

WWW stránky projektu

https://www.elixir-czech.cz/

Spolupracující organizace

Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i.
Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i.
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.

Odpovědná osoba RNDr. Jiří Vondrášek, CSc.

CESNET z.s.p.o.
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích
Univerzita Karlova
Univerzita Palackého v Olomouci
Vysoká škola chemicko-technologická v Praze
Fakultní nemocnice U sv. Anny Brno
Biologické centrum AV ČR, v. v. i.
Biotechnologický ústav AV ČR, v.v.i.

It is a current global trend that life science experiments generate an immense and steadily increasing volume of data. The Czech Republic feels this trend very strongly, because several new life science infrastructures were successfully established here, and they produce large amounts of data. It is necessary to store the data, safely manipulate with them, efficiently extract key information, etc. ELIXIR CZ is an infrastructure which is prepared to accept this challenge.
Thus, ELIXIR CZ aims to create a sustainable infrastructure for storing, processing and analysis of life science data in the Czech Republic. It will also provide tools and training that will facilitate performing these activities. Currently, ELIXIR CZ involves eleven institutions - nine life science research centres and two IT infrastructures. ELIXIR CZ also creates a communication platform for life science research institutes in the Czech Republic. ELIXIR CZ is a node of the European ESFRI project ELIXIR and is strongly involved in its activities. The ELIXIR project was approved by the Competitiveness Council from ESFRI as one of three prioritised Research Infrastructures.

Publikace

Počet publikací: 68

2020

PDBe-KB: a community-driven resource for structural and functional annotations

VARADI Mihaly BCRRISFORD John DESHPANDE Mandar NAIR Sreenath S. GUTMANAS Aleksandras ARMSTRONG David PRAVDA Lukáš AL-LAZIKANI Bissan ANYANGO Stephen BARTON Geoffrey J. BERKA Karel BLUNDELL Tom BORKAKOTI Neera DANA Jose DAS Sayoni DEY Sucharita DI MICCO Patrizio FRATERNALI Franca GIBSON Toby HELMER-CITTERICH Manuela HOKSZA David HUANG Liang-Chin JAIN Rishabh JUBB Harry KANNAS Christos KANNAN Natarajan KOČA Jaroslav KRIVAK Radoslav KUMAR Manjeet LEVY Emanuel D. MADEIRA F. MADHUSUDHAN M. S. MARTELL Henry J. MACGOWAN Stuart MCGREIG Jake E. MIR Saqib MUKHOPADHYAY Abhik PARCA Luca PAYSAN-LAFOSSE Typhaine RADUSKY Leandro RIBEIRO Antonio SERRANO Luis SILLITOE Ian SINGH Gulzar SKODA Petr SVOBODOVÁ Radka TYZACK Jonathan VALENCIA Alfonso FERNANDEZ Eloy Villasclaras VRANKEN Wim WASS Mark THORNTON Janet STERNBERG Michael ORENGO Christine VELANKAR Sameer

Článek v odborném periodiku

Nucleic acids research, rok: 2020, ročník: 48, vydání: D1, DOI
Predicting protein stability and solubility changes upon mutations: data perspective

MAZURENKO Stanislav

Článek v odborném periodiku

ChemCatChem, rok: 2020, ročník: 12, vydání: 22, DOI
Stereoselective Bromoboration of Acetylene with Boron Tribromide: Preparation and Cross-Coupling Reactions of (Z)-Bromovinylboronates

POLÁŠEK Jan PACIOREK Jan STOŠEK Jakub SEMRÁD Hugo MUNZAROVÁ Markéta MAZAL Ctibor

Článek v odborném periodiku

The Journal of Organic Chemistry, rok: 2020, ročník: 85, vydání: 11, DOI
Structural and catalytic effects of surface loop-helix transplantation within haloalkane dehalogenase family

MAREK Martin CHALOUPKOVÁ Radka PRUDNIKOVA Tanyana SATO Yukari REZACOVA Pavlina NAGATA Yuji SMATANOVA KUTA Ivana DAMBORSKÝ Jiří

Článek v odborném periodiku

Computational and Structural Biotechnology Journal, rok: 2020, ročník: 18, vydání: December 2020, DOI
Structures of hyperstable ancestral haloalkane dehalogenases show restricted conformational dynamics

BABKOVÁ Petra DUNAJOVÁ Zuzana CHALOUPKOVÁ Radka DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David MAREK Martin

Článek v odborném periodiku

Computational and Structural Biotechnology Journal, rok: 2020, ročník: 18, vydání: 2020, DOI
The impact of tunnel mutations on enzymatic catalysis depends on the tunnel-substrate complementarity and the rate-limiting step

KOKKONEN Piia Pauliina SLÁNSKÁ Michaela DOČKALOVÁ Veronika RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO José Gaspar MARQUEZ SANCHEZ - CARNERERO Esther Maria DAMBORSKÝ Jiří KLÁN Petr PROKOP Zbyněk BEDNÁŘ David

Článek v odborném periodiku

Computational and Structural Biotechnology Journal, rok: 2020, ročník: 18, vydání: 2020, DOI
Visualization and Analysis of Protein Structures with LiteMol Suite

SEHNAL David SVOBODOVÁ Radka BERKA K. PRAVDA Lukáš MIDLIK Adam KOČA Jaroslav

Kapitola v knize

STRUCTURAL BIOINFORMATICS: METHODS AND PROTOCOLS, rok: 2020, počet stran: 13 s.

2019

Automated family-wide annotation of secondary structure elements

MIDLIK Adam HUTAŘOVÁ VAŘEKOVÁ Ivana HUTAŘ Jan MOTURU Tarakaramji NAVRÁTILOVÁ Veronika KOČA Jaroslav BERKA Karel SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka

Kapitola v knize

Protein supersecondary structures: Methods and protocols, vydání: Vyd. Second Edition, rok: 2019, počet stran: 25 s.
Caver Web 1.0: identification of tunnels and channels in proteins and analysis of ligand transport

ŠTOURAČ Jan VÁVRA Ondřej KOKKONEN Piia Pauliina FILIPOVIČ Jiří RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO José Gaspar BREZOVSKÝ Jan DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David

Článek v odborném periodiku

Nucleic acids research, rok: 2019, ročník: 47, vydání: W1, DOI
CaverDock: a molecular docking-based tool to analyse ligand transport through protein tunnels and channels

VÁVRA Ondřej FILIPOVIČ Jiří PLHÁK Jan BEDNÁŘ David MARQUES Sérgio Manuel BREZOVSKÝ Jan ŠTOURAČ Jan MATYSKA Luděk DAMBORSKÝ Jiří

Článek v odborném periodiku

Bioinformatics, rok: 2019, ročník: 35, vydání: 23, DOI