Laboratoř je zaměřena na studium fotosyntézy u vyšších rostlin, mechů, lišejníků a zelených řas pomocí fluorometrických, gazometrických, biochemických metod.

V současné době je hlavním výzkumným směrem stresová fyziologie fotosyntézy lišejníků, respektive jejich autotrofních symbiontů, zelených řas rodu Trebouxia. Studovány jsou zejména fotochemické procesy fotosyntézy, tj. funkce fotosystému II za různých limitujících podmínek (stres suchem, fotoinhibiční stres, stres nízkou teplotou, osmotický stres, toxické látky). Důraz je kladen na fotoinhibici a fotoochranné mechanismy na úrovni pigment-proteinových komplexů thylakoidní membrány chloroplastu (fotoinaktivace PS II, nefotochemické zhášení excitační energie a jeho komponenty, aktivace konverze pigmentů xantofylového cyklu). Nemenší pozornost je věnována antioxidačním enzymům a substrátům a jejich redoxnímu stavu a dynamice v průběhu radiačního stresu, respektive fotoinhibice fotosyntézy.

Pracovní skupina fotosyntézy extremofilních organismů (EEL) - vedoucí skupiny Miloš Barták
Pracovní skupina ekofyziologie a experimentální algologie - vedoucí skupiny Peter Váczi