Informace o projektu
Studium molekulováho rozpoznávání a vývoj nových softwarových nástrojů pro identifikaci a design přístupových cest v proteinech
- Kód projektu
- GJ20-15915Y
- Období řešení
- 1/2020 - 12/2022
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Grantová agentura ČR
- Juniorské granty
- Fakulta / Pracoviště MU
- Přírodovědecká fakulta
Projekt cílí na pochopení základních principů molekulového rozpoznávání, které je jedním ze základních kamenů biochemického výzkumu. Strukturní biologie sice poskytuje značné informace o funkci a interakci molekul v živých buňkách, ale není doposud známo, jak tisíce proteinů v databázích dokáží rozpoznávat své přislušné ligandy. Cílem tohoto projektu je tento proces objasnit na úrovni všech proteinů se známou terciární strukturou (celé PDB databáze). K dosažení tohoto cíle bude potřeba vyvinout nový heuristický algoritmus pro analýzu transportních cest ve flexibilních molekulách proteinů. Tyto algoritmy budou implementovány v nové verzi in house softwarového nástroje CaverDock. Výstupem tohoto projektu bude vylepšený software pro masivní analýzu transportních procesů v proteinech, webový nástroj zpřístupňující CaverDock širší odborné veřejnosti a pochopení základních principů uplatňujících se při rozpoznávání molekul uvnitř živých buněk.
Cíle udržitelného rozvoje
Masarykova univerzita se hlásí k cílům udržitelného rozvoje OSN, jejichž záměrem je do roku 2030 zlepšit podmínky a kvalitu života na naší planetě.
Publikace
Počet publikací: 19
2022
-
SoluProtMutDB: A manually curated database of protein solubility changes upon mutations
Computational and Structural Biotechnology Journal, rok: 2022, ročník: 20, vydání: November 2022, DOI
-
Tools for computational design and high-throughput screening of therapeutic enzymes
ADVANCED DRUG DELIVERY REVIEWS, rok: 2022, ročník: 183, vydání: April 2022, DOI
2021
-
FireProt(ASR): A Web Server for Fully Automated Ancestral Sequence Reconstruction
Briefings in Bioinformatics, rok: 2021, ročník: 22, vydání: 4, DOI
-
FireProt(DB): database of manually curated protein stability data
Nucleic acids research, rok: 2021, ročník: 49, vydání: D1, DOI
-
Fully Automated Ancestral Sequence Reconstruction using FireProtASR
Current Protocols, rok: 2021, ročník: 1, vydání: 2, DOI
-
Screening of world approved drugs against highly dynamical spike glycoprotein of SARS-CoV-2 using CaverDock and machine learning
Computational and Structural Biotechnology Journal, rok: 2021, ročník: 19, vydání: May, DOI
-
Simulation of Ligand Transport in Receptors Using CaverDock
Protein-Ligand Interactions and Drug Design, rok: 2021, počet stran: 20 s.
-
SoluProt: prediction of soluble protein expression in Escherichia coli
Bioinformatics, rok: 2021, ročník: 37, vydání: 1, DOI
2020
-
Structures of hyperstable ancestral haloalkane dehalogenases show restricted conformational dynamics
Computational and Structural Biotechnology Journal, rok: 2020, ročník: 18, vydání: 2020, DOI