Informace o projektu
Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum

Informace

Projekt nespadá pod Přírodovědeckou fakultu, ale pod Lékařskou fakultu. Oficiální stránka projektu je na webu muni.cz.

Kód projektu

GA310/04/0021

Období řešení

1/2004 - 12/2006

Investor / Programový rámec / typ projektu

Grantová agentura ČR

Standardní projekty

Fakulta / Pracoviště MU

Lékařská fakulta

Klíčová slova

treponema pallidum, fukkční genomika, DNA čipy

Genom spirochety Treponema pallidum byl kompletně sekvenován v roce 1998. Treponema pallidum subspecies pallidum je etiologickým agens syfilis. Tuto spirochetu není možné kultivovat v podmínkách in vitro, což znemožňuje použití klasických molekulárně genetických metod pro studium této bakterie. Proto navrhujeme použití metod funkční gtenomiky a DNA microarrays. Připravili jsme BAC knihovnu T. pallidum v E. coli, která v 19 klonech obsahuje 98,7 % všech genů T. pallidum. Současně jsme připravili DNA microarray čip, který obsahuje PCR produkty všech 1039 predikovaných genů T. pallidum.i). Knihovna T. pallidum bude použita pro zjišťování rozdílů mezi klony testovanými za různých podmínek. Zjištěné rozdíly budou použity pro identifikaci genových funkcí. ii). Příbuzný druh T. paraluiscuniculi, způsobující infekce králíků a nepatogenní pro člověka, bude použit pro mapování genomu na DNA i na mRNA úrovni. Zjištěné rozdíly budou vztaženy k rozdílné virulenci obou spirochet a k patogenezi obou (odlišných) onemocnění.iii) Předpovězené regulační geny T. pallidum budou individuálně naklonovány na malé, BAC kompatibilní plasmidy, a transformovány do všech 19 klonů knihovny. RNA izolována z těchto klonů bude porovnána s kontrolní RNA a regulační funkce klonovaných genů bude ověřena. Současně budou identifikovány kosmidové geny T. pallidum, jejichž exprese je ovlivněna těmito regulátory. Podobná regulace genové exprese je pravděpodobně asociována s podobnou funkcí takto regulovaných genů.

Publikace

Počet publikací: 45

2005

Restrikční mapování genomů blízce příbuzných patogenních spirochet rodu Treponema.

STROUHAL Michal ŠMAJS David

Konferenční abstrakty

Rok: 2005, druh: Konferenční abstrakty
Restrikční mapování genomů blízce příbuzných spirochet rodu Treponema.

STROUHAL Michal ŠMAJS David

Článek ve sborníku

Chemické listy, rok: 2005
Studium domnělých regulátorů genové exprese a sigma 54-závislých promotorů spirochety Treponema pallidum.

ČEJKOVÁ Darina ŠMAJS David

Konferenční abstrakty

Rok: 2005, druh: Konferenční abstrakty
Studium domnělých regulátorů genové exprese spirochety Treponema pallidum.

ČEJKOVÁ Darina ŠMAJS David

Konferenční abstrakty

Rok: 2005, druh: Konferenční abstrakty
Studium genové exprese u T. pallidum.

MATĚJKOVÁ Petra ŠMAJS David NORRIS S.J. WEINSTOCK G.M.

Článek ve sborníku

Sborník příspěvků IX. Pracovního setkání biochemiků a molekulárních biologů, rok: 2005
Transcriptome of Treponema pallidum: gene expression profile during experimental rabbit infection.

ŠMAJS David MCKEVITT M. HOWELL J.K. NORRIS S.J. CAI W.W. PALZKILL T. WEINSTOCK G.M.

Článek v odborném periodiku

J. Bacteriol, rok: 2005, ročník: 2005, vydání: 187
Treponema Genomics.

WEINSTOCK George M. ŠMAJS David MATĚJKOVÁ Petra STROUHAL Michal ALBERT Thomas J. NORRIS Steven J. PALZKILL Timothy SODERGREN Erica J.

Kapitola v knize

Molecular Biology of Spirochetes., rok: 2005, počet stran: 5 s.

2004

Comparative genomics of Treponema pallidum ssp. pallidum and Treponema paraluiscuniculi.

ŠMAJS David MATĚJKOVÁ Petra NORRIS S.J. WEINSTOCK G.M.

Článek v odborném periodiku

Clin. Microbiol. Infec., rok: 2004, ročník: 10, vydání: 3
Genome differences and detection of pathogenic Treponema pallidum subspecies

MATĚJKOVÁ Petra ŠMAJS David NORRIS S.J. WEINSTOCK G.M.

Článek v odborném periodiku

Clin. Microbiol. Infec., rok: 2004, ročník: 10, vydání: 3
Nukleotidové polymorfismy u blízce příbuzných treponem a jejich detekce

MATĚJKOVÁ Petra ŠMAJS David

Článek ve sborníku

Sborník abstraktů XIII. konference mladých mikrobiologů Tomáškovy dny 2004, rok: 2004