Informace o projektu
Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum
- Kód projektu
- GA310/04/0021
- Období řešení
- 1/2004 - 12/2006
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Grantová agentura ČR
- Standardní projekty
- Fakulta / Pracoviště MU
-
Lékařská fakulta
- prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D.
- prof. MUDr. Iva Slaninová, Ph.D.
- prof. MUDr. Jan Šmarda, DrSc.
- Klíčová slova
- treponema pallidum, fukkční genomika, DNA čipy
Genom spirochety Treponema pallidum byl kompletně sekvenován v roce 1998. Treponema pallidum subspecies pallidum je etiologickým agens syfilis. Tuto spirochetu není možné kultivovat v podmínkách in vitro, což znemožňuje použití klasických molekulárně genetických metod pro studium této bakterie. Proto navrhujeme použití metod funkční gtenomiky a DNA microarrays. Připravili jsme BAC knihovnu T. pallidum v E. coli, která v 19 klonech obsahuje 98,7 % všech genů T. pallidum. Současně jsme připravili DNA microarray čip, který obsahuje PCR produkty všech 1039 predikovaných genů T. pallidum.i). Knihovna T. pallidum bude použita pro zjišťování rozdílů mezi klony testovanými za různých podmínek. Zjištěné rozdíly budou použity pro identifikaci genových funkcí. ii). Příbuzný druh T. paraluiscuniculi, způsobující infekce králíků a nepatogenní pro člověka, bude použit pro mapování genomu na DNA i na mRNA úrovni. Zjištěné rozdíly budou vztaženy k rozdílné virulenci obou spirochet a k patogenezi obou (odlišných) onemocnění.iii) Předpovězené regulační geny T. pallidum budou individuálně naklonovány na malé, BAC kompatibilní plasmidy, a transformovány do všech 19 klonů knihovny. RNA izolována z těchto klonů bude porovnána s kontrolní RNA a regulační funkce klonovaných genů bude ověřena. Současně budou identifikovány kosmidové geny T. pallidum, jejichž exprese je ovlivněna těmito regulátory. Podobná regulace genové exprese je pravděpodobně asociována s podobnou funkcí takto regulovaných genů.
Publikace
Počet publikací: 45
2006
-
Studium promotorů Treponema pallidum: charakterizace promotorů pro faktor sigma-54.
X. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků., rok: 2006
2005
-
Comparing genomes of pathogenic and non-pathogenic spirochetes: DNA-microarray hybridizations, whole genome fingerprinting and DNA sequencing.
Rok: 2005, druh: Konferenční abstrakty
-
Comparison of the genomes of pathogenic treponemes, Treponema pallidum ssp. pallidum, ssp. pertenue and Treponema paraluiscuniculi.
Clinical Microbiology and Infection, rok: 2005
-
Genomics of Treponema.
Rok: 2005, druh: Konferenční abstrakty
-
Genomová amplifikace a restrikční mapování patogenních spirochet rodu Treponema.
Rok: 2005, druh: Konferenční abstrakty
-
Genomová hybridizace kmenů T. pallidum Nichols a SS14 na oligonukleotidovém čipu
Rok: 2005, druh: Konferenční abstrakty
-
Identifikace regulátorů genové exprese u Treponema pallidum.
Sborník příspěvků IX. Pracovního setkání biochemiků a molekulárních biologů, rok: 2005
-
Komparativní genomika Treponema pallidum technikou genomové hybridizace na oligonukleotidovém čipu.
Rok: 2005, druh: Konferenční abstrakty
-
Mapování genomů patogenních spirochet.
Sborník příspěvků IX. Pracovního setkání biochemiků a molekulárních biologů, rok: 2005
-
Reproducibility of Comparative Genomics Sequencing in Treponema pallidum ssp. pallidum.
Rok: 2005, druh: Konferenční abstrakty