Předpokládá se, že zástupci některých kmenů bakteriofágů (virů bakterií),
případně jejich specifické proteiny a peptidy, mohou sloužit jako nové
účinné prostředky v léčbě bakteriálních infekcí. Pro racionální vývoj fágové
terapie, bez nežádoucích účinků současných antibiotik, je třeba nalézt vztah
mezi požadovanými biologickými vlastnostmi vhodných fágů a jejich genomem a proteomem. K dosažení tohoto cíle je nutné vyvinout novou technologii pro
rychlou a spolehlivou analýzu fágové molekulární struktury. V tomto projektu
bude vyvinut trojrozměrný separační systém pro analýzu fágů. V první fázi
použijeme pro separaci celkové směsi fágových proteinů mikropreparativní
kapilární elektroforézu s vysoce citlivou detekcí na bázi laserem indukované
fluorescence (LIF) s nekovalentním značením. Získaný fingerprint poslouží k odhalení diferencí proteinového obsahu fágů a k řízení automatického sběru
frakcí. Frakce bodou následně štěpeny trypsinem imobilizovaným na stěnách
sběrných jamek. V závěrečném kroku budou tryptické peptidové štěpy
analyzovány kombinací kapilární elektroforézy a hmotnostní spektrometrie. K získání sekvence peptidů a informace o post-translačních modifikacích
použijeme metody hmotnostní spektrometrie využívající jak elektrosprejové
ionizace s iontovou pastí (ESI/IT), tak laserové desorbce a ionizace vzorku
z matrice (MALDI/TOF). Pro studium jsme zvolili fága 812 a jeho mutanty
vykazující silnou lytickou aktivitu a rozdílnou specifitu k hostiteli.

Publikace