Dizertační práce / Doctoral theses in 1990s

• Chytrý Milan (1994): Lesní vegetace Národního parku Podyjí [Forest vegetation of the Podyjí/Thayatal National Park] (fytocen./phytosociol.; supervisor: J. Vicherek)
• Tichý Lubomír (1999): Vliv stanovištních podmínek na diverzitu vegetace [Environmental relationships of vegetation diversity] (ecolog.; supervisor: J. Vicherek)
• Bureš Petr (1999): Eleocharis R. Br. subser. Eleocharis. Biosystematická studie středoevropských taxonů se zvláštním zřetelem k území České republiky [Eleocharis R. Br. subser. Eleocharis. Biosystematic study of the Central European taxa with special regard to the Czech Republic] (taxonom.; supervisor: † M. Smejkal, V. Řehořek)

Dizertační práce / Doctoral theses in 2000s

• Danihelka Jiří (2000): Achillea millefolium agg. v České republice [Achillea millefolium agg. in the Czech Republic] (taxonom.; supervisor: † M. Smejkal, V. Řehořek)
• Hrouda Petr (2000): Hlívy a houževnatce České a Slovenské republiky [Pleurotoid fungi of the family Polyporaceae in the Czech Republic and Slovakia] (mycolog.; supervisor: J. Špaček)
• Řepka Radomír (2002): Taxonomie Carex muricata agg. v České republice [Taxonomy of the Carex muricata agg. in the Czech Republic] (taxonom.; supervisor: V. Řehořek)
• Hájek Michal (2002): Svahová prameniště magurského flyše [Sloping springs of the magura flysh] (ecolog.; supervisor: V. Řehořek)
• Kočí Martin (2003): Syntaxonomická revize vegetace subalpínských vysokobylinných niv třídy Mulgedio-Aconitetea v ČR [Subalpine tall-forb vegetation (Mulgedio-Aconitetea) in the Czech Republic – syntaxonomical revision] (phytosociol.; supervisor: M. Chytrý)
• Lososová Zdeňka (2003): Vegetace polních plevelů jižní Moravy [Weed vegetation in South Moravia] (phytosociol.; supervisor: M. Chytrý)
• Sedláková Iva (2003): Sukcese vegetace teplomilných vřesovišť v národním parku Podyjí [Succession of dry heathlands in Podyjí National Park] (ecolog.; supervisor: M. Chytrý)
• Stoneberg-Holt Sierra Dawn (2005): The trnL–F plastid DNA region and its application to phylogeographic analysis in Poa pratensis agg. (phylogeogr.; supervisor: M. Dvořáková, consultant: P. Bureš)
• Hájková Petra (2005): Ekologie a vývoj prameništních slatinišť v západní části Karpat [Ecology and development of Western Carpathians spring fens] (ecolog.; supervisor: K. Rybníček)