Na rozdíl od kořene je anatomická stavba stonku poměrně variabilní. Přestože typicky organizované stonky jednoděložných a dvouděložných rostlin lze od sebe snadno odlišit např. dle lokalizace cévních svazků, v případě metamorfovaných stonků může být jejich stavba výrazně změněná a rovněž mezi jednoděložnými či dvouděložnými rostlinami lze nalézt druhy, jejichž stavba neodpovídá typické stavbě těchto skupin.
Povrch stonku je kryt kutikulou a epidermis s průduchy a obvykle i s trichomy či emergencemi. V typicky vyvinutém stonku dvouděložných a nahosemenných rostlin je možné odlišit vrstvy primární kůry od středního válce (stélé), v němž jsou do jednoho kruhu rozmístěné (bi)kolaterální cévní svazky. Zevní vrstvy primární kůry jsou často tvořeny mechanickými pletivy (kolenchymem nebo sklerenchymem), které tvoří buď souvislou hypodermis, nebo se diferencují pouze lokálně, jako např. v rozích čtyřhranné lodyhy stonku hluchavek (Lamium sp.). Další vrstvy mohou být tvořeny buď chlorenchymatikým pletivem, nebo parenchymem, který ev. může obsahovat velké množství škrobových zrn. U některých druhů (např. podražce velkolistého - Aristolochia durior) lze i ve vnitřním kortexu nalézt souvislý prstenec sklerenchymatických buněk. Typická endodermis, jak ji známe z kořenů, se ve stoncích diferencuje pouze u malého počtu dvouděložných rostlin. Někdy lze v mladých stoncích některých druhů (např. u slunečnice roční - Helianthus annuus) nalézt ve vnitřním kortexu vrstvu buněk, které označujeme jako škrobovou pochvu a kterou považujeme za strukturu homologickou endodermis. Pericykl, který je v kořenech vždy vyvinut jakožto zevní vrstva středního válce, ve stoncích často chybí. Cévní svazky jsou ve stélé uspořádány do jednoho kruhu obklopujícího parenchymatické pletivo, které označujeme jako dřeň - tuto organizaci označujeme jako eustélé. Elementy floému v cévních svazcích směřují centrifugálně, elementy xylému centripetálně. Výběžky parenchymatické dřeně mezi cévními svazky označujeme jako (dřeňové) paprsky. Kambium, které se podílí na sekundárním tloustnutí stonků dvouděložných a nahosemenných rostlin, vzniká dediferenciací parenchymatických buněk dřeňových paprsků nacházejících se na spojnici mezi prokambiálními buňkami v cévních svazcích a jejich spojením do souvislého prstence.
U jednoděložných rostlin nelze v typickém případě rozlišit vrstvy primární kůry od vrstev středního válce. Kolaterální uzavřené cévní svazky jsou v základním pletivu uspořádány buď v dvou (např. žito - Secale cereale) nebo více kruzích (voděnka - Tradescantia sp.), nebo typicky v celém objemu středního válce (např. kukuřice - Zea mays). Tato organizace se označuje jako ataktostélé. Odlišnou stavbu mají (opět pouze v typickém případě) u jednoděložných rostlin podzemní modifikované stonky - oddenky. Obvykle se u nich vyvíjí zřetelná endodermis, která ohraničuje vrstvy primární kůry od středního válce.
Zhotovíme příčné ruční žiletkové řezy stonkem podražce (Aristolochia durior), voděnky (Tradescantia sp.), šáchoru (Cyperus alternifolius), kukuřice (Zea mays) a pod. Lignifikované buněčné stěny můžeme zvýraznit pomocí barvení floroglucinolem, popřípadě je možné využít autofluorescenci chloroplastů a rostlinných pletiv.