Povrch kořene je v typickém případě kryt jednovrstevnou rhizodermis (syn. kořenovou epidermis), která může vytvářet kořenové vlásky. Vzdušné kořeny epifytických rostlin obvykle mají pokožku vícevrstevnou, tzv. velamen (např. epifytické orchideje).
Pod krycím pletivem se nachází zpravidla mnohovrstevná primární kůra neboli kortex. Z hlediska příjmu vody a minerálních živin rostlinou má největší význam nejvnitřnější vrstva primární kůry přiléhající ke střednímu válci, označovaná jako endodermis. V závislosti na ontogenetickém vývinu a taxonomické pozici rostliny mohou endodermální buňky prodělávat postupný vývoj a jejich buněčné stěny mohou být postupně impregnovány suberinem, popřípadě mohou být i lignifikovány. Pokud jsou v ranných fázích vývoje impregnovány pouze radiální buněčné stěny endodermis, označujeme místa depozice suberinu a ligninu na příčném řezu kořenem jako tzv. Casparyho proužky. V dalším vývoji jsou často dále impregnovány a tloustnou vnitřní periklinální a radiální buněčné stěny endodermálních buněk nebo tyto tloustnou a jsou impregnovány po celém svém povrchu. Toto "utěsnění" jinak pro vodní roztoky volně propustných buněčných stěn a intercelulár způsobí, že veškeré látky přijímané rostlinou z půdního roztoku musí být před vstupem do středního válce transportovány přes cytoplazmatickou membránu dovnitř buněk. Tento přenos vyžaduje energii (obvykle se děje proti koncentračnímu gradientu dané látky) a pro většinu látek se děje prostřednictvím specifických proteinových přenašečů.
Zbylé buňky primární kůry jsou u starších kořenů, které ztrácejí kořenové vlášení a jejichž sorpční funkce je potlačena, mohou být rozlišeny na exodermis, tj. vrstvu analogickou endodermism avšak nacházející se bezprostředně pod rhizodermis, popř. na typicky vícevrstevnou hypodermis, tvořenou sklerifikovanými buňkami.
V centrální části kořene se nachází střední válec. S endodermis sousedí jedno- nebo vícevrstevný pericykl, latentní meristém, zakládající svou meristematickou činností boční kořeny. Vodivá pletiva kořene se nachází pod pericyklem a mají radiální uspořádání. Pro dvouděložné a nahosemenné rostliny je typický nižší počet pólů cévního svazku (oligarchní radiální organizace vodivých pletiv), naopak pro kořeny rostlin jednoděložných je typické polyarchní uspořádání vodivých pletiv, s vysokými počty protoxylémových pólů. Způsob zakládání cévních svazků je exarchní - protoxylém se zakládá činností prokambia při obvodu středního válce, metaxylém centripetálně od něj (tedy směrem do středu kořene). Uprostřed kořene se může nycházet dřeň, tvořená typicky parenchymatickými buňkami, které však mohou lignifikovat. U některých rostlin naopak dřeň chybí a v centrální části středního válce se nachází elementy metaxylému.
Zhotovíme příčné ruční žiletkové řezy kořeny bobu setého (Vicia faba), harchu setého (Pisum sativum), kosatcem (Iris sp.), případně kukuřicí (Zea mays), ječmenem (Hordeum vulgare), vzdušným kořenem monstery (Monstera deliciosa) nebo některé epifytické orchideje (Dendrobium, Phalaenopsis, Cattleya apod.). Lignifikované buněčné stěny můžeme zvýraznit pomocí barvení floroglucinolem, popřípadě je možné preparáty pozorovat s využitím autofluorescence, které je výhodné zejména k odlišení morfologicky odlišných vrstev primární kůry.