Informace o projektu
Detekce epitranskriptomických modifikací nekódujících RNA u rostlin (EPITR)

Epitranskriptomika je nový vědní obor zkoumající informace o ribonukleových kyselinách nad rámec primární sekvence transkriptů. Sleduje posttranskripční modifikace RNA, během nichž může docházet k modifikaci ribózy, ke změně báze nebo k izomerizaci. Tyto modifikace ovlivňují strukturu a stabilitu primárních produktů genetické informace rostliny a její odpověď na biotický či abiotický stres. Jednou z nejčastějších modifikací je pseudouridylace. Přítomnost pseudouridinů v sekvenci rRNA, tRNA a dalších nekódujících RNA má vliv na stabilitu i strukturní vlastnosti. Zatímco pro hojně zastoupené typy RNA je volba metodiky zkoumání jednodušší, u méně abundantních RNA je potřeba použít odlišné a citlivější metody detekce. Optimalizace metod pro využití u méně zastoupených RNA tak může být zajímavým problémem z analytického hlediska.
Telomeráza je ribonukleoproteinový komplex, který má schopnost prodlužovat konce eukaryotických chromozomů (telomery), čímž napomáhají k udržení stability chromozomů a zabraňují replikativní senescenci. Jejími hlavními složkami jsou telomerázová reverzní transkriptáza (TERT) a telomerázová RNA (TR), která obsahuje templát pro syntézu telomerických sekvencí a řadí se mezi nekódující RNA (ncRNA). Mimo to má i další regulační funkce, zatím ale tyto znalosti téměř chybí. Známá sekvence rostlinné TR u Arabidopsis thaliana může být nápomocná při identifikaci posttranskripčních modifikací, konkrétně pseudouridinů, které jsou řazeny mezi nejčastější typy modifikací. Modifikované RNA je možné detekovat pomocí analytických metod, jako je například kvantitativní PCR, která může být levnější variantou ve srovnání s jinými metodami. Tento projekt má tak potenciál obohatit analytické možnosti zkoumání epitranskriptomických modifikací, a zároveň přinést nové poznatky do telomerázové biologie, která je stále aktuálním výzkumným tématem.