Informace o projektu
Towards the physical basis of lone-pair-pi interactions. Do lone-pair-pi interactions stabilize the structure of the Engrailed homeodomain?
(Lone-pair-pi interactions)
- Kód projektu
- GA14-14654S
- Období řešení
- 1/2014 - 12/2016
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Grantová agentura ČR
- Standardní projekty
- Fakulta / Pracoviště MU
- Přírodovědecká fakulta
jsou zvláštní interakce stabilizující některé konformace nukleových kyselin (Z-DNA) a proteinů (homeodomény). Jejich fyzikální podstata není
zcela objasněna. Nedávno publikované výsledky naznačují, že interakce lone-pair-pi jsou komplikovanou funkcí vzájemné orientace obou
partnerů a že je současná silová pole nepopisují správně. Krystalové struktury poukazují na pravděpodobný význam interakcí lone-pair-pi při
specifické vazbě homeodomény Engrailed na sekvenci DNA. V tomto projektu budeme jednak teoreticky analyzovat fyzikální podstatu těchto
interakcí, jednak experimentálně prověříme jejich význam při vazbě homeodomény Engrailed na příslušnou sekvenci DNA.
Publikace
Počet publikací: 8
2018
-
Protein environment affects the water-tryptophan binding mode. MD, QM/MM, and NMR studies of engrailed homeodomain mutants
Physical Chemistry Chemical Physics, rok: 2018, ročník: 20, vydání: 18, DOI
-
Water-tryptophan interactions: lone-pair-pi or O-H-pi? Molecular dynamics simulations of beta-galactosidase suggest that both modes can co-exist
Chemistry - A European Journal, rok: 2018, ročník: 24, vydání: 22, DOI
2017
-
Anion-pi interactions in flavoproteins involve a substantial charge-transfer component
Chemistry - A European Journal, rok: 2017, ročník: 23, vydání: 14, DOI
-
Lone pair–pi interactions in biological systems: occurrence, function, and physical origin
European Biophysics Journal With Biophysics Letters, rok: 2017, ročník: 46, vydání: 8, DOI
2016
-
Lone-pair–pi interactions: analysis of the physical origin and biolological implications
Physical Chemistry Chemical Physics, rok: 2016, ročník: 18, vydání: 28, DOI
2015
-
Asymmetric Bifurcated Halogen Bonds
Physical Chemistry Chemical Physics, rok: 2015, ročník: 17, vydání: 9, DOI
-
MX2...YX2 bonding: A case study
Rok: 2015, druh: Další prezentace na konferencích
-
On the Non-Classical Contribution in Lone-Pair-pi Interaction: IQA perspective
Physical Chemistry Chemical Physics, rok: 2015, ročník: 17, vydání: 39, DOI