Mgr. Naděžda Špačková, Ph.D.

2018

• Protein environment affects the water-tryptophan binding mode. MD, QM/MM, and NMR studies of engrailed homeodomain mutants

  ŠPAČKOVÁ Naděžda TROŠANOVÁ Zuzana SEBESTA F. JANSEN Séverine BURDA J.V. SRB Pavel ZACHRDLA Milan ŽÍDEK Lukáš KOZELKA Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Physical Chemistry Chemical Physics, rok: 2018, ročník: 20, vydání: 18, DOI

• Role of Inosine-Uracil Base Pairs in the Canonical RNA Duplexes

  ŠPAČKOVÁ Naděžda RÉBLOVÁ Kamila

  Článek v odborném periodiku

  GENES, rok: 2018, ročník: 9, vydání: 7, DOI

2017

• DNA mutation motifs in the genes associated with inherited diseases

  RŮŽIČKA Michal KULHÁNEK Petr RADOVÁ Lenka ČECHOVÁ Andrea ŠPAČKOVÁ Naděžda FAJKUSOVÁ Lenka RÉBLOVÁ Kamila

  Článek v odborném periodiku

  Plos one, rok: 2017, ročník: 12, vydání: 8, DOI

2016

• Analysis of intrinsic properties of mutation motifs (coldspots-hotspots) in genes associated with inherited disorders using molecular dynamics methods

  RÉBLOVÁ Kamila RADOVÁ Lenka ČECHOVÁ Andrea RŮŽIČKA Michal ŠPAČKOVÁ Naděžda KULHÁNEK Petr FAJKUSOVÁ Lenka

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2016, druh: Konferenční abstrakty

• Effect of a modified base on stability and flexibility of RNA duplexes: molecular dynamics and thermodynamics study.

  ŠPAČKOVÁ Naděžda RÉBLOVÁ Kamila

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2016, druh: Konferenční abstrakty

2014

• Mechanical Model of DNA Allostery

  DRŠATA Tomáš ZGARBOVÁ Marie ŠPAČKOVÁ Naděžda JUREČKA Petr ŠPONER Jiří LANKAŠ Filip

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Physical Chemistry Letters, rok: 2014, ročník: 5, vydání: 21, DOI

2013

• Relative Stability of Different DNA Guanine Quadruplex Stem Topologies Derived Using Large-Scale Quantum-Chemical Computations

  ŠPONER Jiří MLÁDEK Arnošt ŠPAČKOVÁ Naděžda CANG Xiaohui H. CHEATHAM Thomas E. GRIMME Stefan

  Článek v odborném periodiku

  Journal of the American Chemical Society, rok: 2013, ročník: 135, vydání: 26, DOI

2011

• A-Minor Tertiary Interactions in RNA Kink-Turns. Molecular Dynamics and Quantum Chemical Analysis

  RÉBLOVÁ Kamila ŠPONEROVÁ Judit ŠPAČKOVÁ Naděžda BEŠŠEOVÁ Ivana ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B, rok: 2011, ročník: 115, vydání: 47, DOI

• NMR cross-­correlated relaxation rates reveal ion coordination sites in DNA

  FIALA Radovan ŠPAČKOVÁ Naděžda FOLDYNOVÁ-TRANTÍRKOVÁ Silvie ŠPONER Jiří SKLENÁŘ Vladimír TRANTÍREK Lukáš

  Článek v odborném periodiku

  Journal of the American Chemical Society, rok: 2011, ročník: 133, vydání: 35, DOI

2007

• Human telomeric G-DNA - a test example for force field adjustment

  FADRNÁ Eva ŠPAČKOVÁ Naděžda SVOZIL Daniel ŠPONER Jiří KOČA Jaroslav

  Článek ve sborníku

  Journal Of Biomolecular Structure and Dynamics, rok: 2007