Umělá inteligence v proteinovém inženýrství

Články

• A computational workflow for analysis of missense mutations in precision oncology

  KHAN Rayyan Tariq POKORNÁ Petra DVORSKÝ Jan BORKO Simeon AREFIEV Ihor PLANAS IGLESIAS Joan DOBIÁŠ Adam RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO José Gaspar SZOTKOWSKÁ Veronika ŠTĚRBA Jaroslav SLABÝ Ondřej DAMBORSKÝ Jiří MAZURENKO Stanislav BEDNÁŘ David

  Článek v odborném periodiku

  JOURNAL OF CHEMINFORMATICS, rok: 2024, ročník: 16, vydání: 1, DOI

• Analysis of mutations in precision oncology using the automated, accurate, and user-friendly web tool PredictONCO

  KHAN Rayyan Tariq POKORNÁ Petra DVORSKÝ Jan BORKO Simeon DOBIÁŠ Adam PLANAS IGLESIAS Joan MAZURENKO Stanislav AREFIEV Ihor RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO José Gaspar SZOTKOWSKÁ Veronika ŠTĚRBA Jaroslav DAMBORSKÝ Jiří SLABÝ Ondřej BEDNÁŘ David

  Článek v odborném periodiku

  Computational and Structural Biotechnology Journal, rok: 2024, ročník: 24, vydání: December 2024, DOI

• BenchStab: A tool for automated querying of web-based stability predictors

  VELECKÝ Jan BEREZNÝ Matej MUSIL Miloš DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David MAZURENKO Stanislav

  Článek v odborném periodiku

  BIOINFORMATICS, rok: 2024, ročník: 40, vydání: 9, DOI

• CoVAMPnet: Comparative Markov State Analysis for Studying Effects of Drug Candidates on Disordered Biomolecules

  MARQUES Sérgio Manuel KOUBA Petr LEGRAND Anthony Thomas P SEDLAR Jiri DISSON Lucas PLANAS IGLESIAS Joan SANUSI Zainab Kemi KUNKA Antonín DAMBORSKÝ Jiří PAJDLA Tomas PROKOP Zbyněk MAZURENKO Stanislav SIVIC Josef BEDNÁŘ David

  Článek v odborném periodiku

  JACS AU, rok: 2024, ročník: 4, vydání: 6, DOI

• DOME Registry: implementing community-wide recommendations for reporting supervised machine learning in biology

  ATTAFI Omar Abdelghani CLEMENTEL Damiano KYRITSIS Konstantinos CAPRIOTTI Emidio FARRELL Gavin FRAGKOULI Styliani-Christina CASTRO Leyla Jael HATOS Andras LENAERTS Tom MAZURENKO Stanislav MOZAFFARI Soroush PRADELLI Franco RUCH Patrick SAVOJARDO Castrense TURINA Paola ZAMBELLI Federico PIOVESAN Damiano MONZON Alexander Miguel PSOMOPOULOS Fotis TOSATTO Silvio C. E.

  Článek v odborném periodiku

  GigaScience, rok: 2024, ročník: 13, vydání: December 2024, DOI

• Exploring new galaxies: Perspectives on the discovery of novel PET-degrading enzymes

  MIČAN Jan JARADAT Da 'san M. M. LIU Weidong WEBER Gert MAZURENKO Stanislav BORNSCHEUER Uwe T. DAMBORSKÝ Jiří WEI Ren BEDNÁŘ David

  Článek v odborném periodiku

  Applied Catalysis B: Environment and Energy, rok: 2024, ročník: 342, vydání: March 2024, DOI

• GASP: A Pan-Specific Predictor of Family 1 Glycosyltransferase Acceptor Specificity Enabled by a Pipeline for Substrate Feature Generation and Large-Scale Experimental Screening

  HARDING-LARSEN David MADSEN Christian Degnbol TEZE David KITTILA Tiia LANGHORN Mads Rosander GHARABLI Hani HOBUSCH Mandy OTALVARO Felipe Mejia KIRTEL Onur BIDART Gonzalo Nahuel MAZURENKO Stanislav TRAVNIK Evelyn WELNER Ditte Hededam

  Článek v odborném periodiku

  ACS Omega, rok: 2024, ročník: 9, vydání: 25, DOI

• Large-scale annotation of biochemically relevant pockets and tunnels in cognate enzyme-ligand complexes

  VÁVRA Ondřej TYZACK J. HADDADI Faraneh DVORSKÝ Jan DAMBORSKÝ Jiří MAZURENKO Stanislav THORNTON J.M. BEDNÁŘ David

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Cheminformatics, rok: 2024, ročník: 16, vydání: 1, DOI

• Making PBPK models more reproducible in practice

  DOMINGUEZ ROMERO Elena MAZURENKO Stanislav SCHERINGER Martin DOS SANTOS Martins Vitor A. P. EVELO Chris T. ANTON Mihail HANCOCK John M. ZUPANIC Anze SUAREZ-DIEZ Maria

  Článek v odborném periodiku

  Briefings in Bioinformatics, rok: 2024, ročník: 25, vydání: 6, DOI

• PredictONCO: a web tool supporting decision-making in precision oncology by extending the bioinformatics predictions with advanced computing and machine learning

  ŠTOURAČ Jan BORKO Simeon KHAN Rayyan Tariq POKORNÁ Petra DOBIÁŠ Adam PLANAS IGLESIAS Joan MAZURENKO Stanislav RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO José Gaspar SZOTKOWSKÁ Veronika ŠTĚRBA Jaroslav SLABÝ Ondřej DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David

  Článek v odborném periodiku

  Briefings in Bioinformatics, rok: 2024, ročník: 25, vydání: 1, DOI