Ve skupině systematiky rostlin se zabýváme třemi hlavními směry: evolucí velikosti genomu a obsahu GC-bází ve vztahu k biotickým i abiotickým faktorům, evoluci holocentrických chromozomů a hybridizaci rostlin zkoumané zejména na modelovém rodu Cirsium. Přitom nás nejvíce zajímají otázky, proč se v evoluci některé znaky objevují opakovaně.
Abychom byli schopni odpovědět na otázky, které si klademe, využíváme našich laboratoří, pěstebního skleníku, klimatických komor a experimentální zahrady. Pro některé experimenty získáváme rostlinný materiál i přímo v přírodě.